Caso não seja isso que expliquei, fale com mais detalhes o que deseja para que eu possa ajudá-lo.

No editor da PCI, na aba de Arquivo, prossiga em: Arquivos para fabricação > Gerbers (.gbr)

No item (1), você seleciona a saída e/ou formato de plotagem, neste caso, em .pdf. No item (2), você seleciona as camadas que deseja plotar. No item (3), você seleciona o destino de saída (diretório da pasta onde queira salvar o arquivo). No item (4), você seleciona a opção Preto e Branco, na opção de saída do arquivo em PDF. 

O item (5) geralmente selecionamos para a transferência térmica, plotagem espelhada, na hora que fomos transferir o circuito para o papel. (Verifique isso, pois tem muito tempo que não faço mais este método - não lembro se é marcado ou desmarcado essa opção).

Na opção (6), é para juntar os arquivos das camadas em um único arquivo PDF (separadas por páginas).

No item (7), você plota para gerar o arquivo.